Son exceptionnelle carrière de constructeur est jalonnée en 1876 par le viaduc de Porto sur le Douro, puis celui du Garabit en 1884, ainsi que par la gare de Pest en Hongrie, la coupole de l'observatoire de Nice et l'astucieuse structure de la Statue de la Liberté, avant de culminer en 1889 avec la Tour Eiffel.

Après la fin de sa carrière d'entrepreneur marquée par l'échec du canal de Panama, Eiffel va poursuivre une vie active, occupée par des recherches scientifiques expérimentales sur la météorologie, la radiotélégraphie et l'aérodynamique. Il meurt le 27 décembre 1923.

Eiffel a construit de par le monde des centaines d'ouvrages métalliques en tout genre.

Si les ponts - et particulièrement les ponts de chemin de fer- ont été son domaine de prédilection, il s'est aussi illustré dans le domaine des charpentes et des installations industrielles. Il a jalonné sa carrière d'une belle série de réalisations, dont se détachent les deux viaducs quasi-jumeaux de Porto et de Garabit dans le Cantal, ainsi que des oeuvres où l'inventivité de l'entreprise a pu davantage se donner libre cours. Ainsi les ponts "portatifs", vendus en "kit" dans le monde entier, ou l'astucieuse structure de la statue de la Liberté à New-York, et bien sûr la Tour Eiffel.

Eiffel avait accepté en 1887 de construire les écluses du canal de Panama.

Cette gigantesque entreprise mal engagée par Ferdinand de Lesseps aboutira au plus grand scandale financier du siècle. C'est le contrat le plus important mais aussi le plus risqué de toute sa carrière d'entrepreneur. Face aux risques encourus, il obtient d'énormes avantages financiers et de solides garanties, qui l'assurent d'encaisser son bénéfice dès le commencement des travaux. Malgré la diligence d'Eiffel, la mise en liquidation de la Compagnie du canal le 4 février 1889 aboutit à son inculpation pour escroquerie, aux côtés de Lesseps père et fils, puis à sa condamnation à deux ans de prison et à 2000 francs d'amende, alors que rien ne peut réellement lui être reproché. Profondément atteint dans son honneur et dans sa dignité, il se retire du monde des affaires. Le jugement sera cassé par la Cour de Cassation en invoquant la prescription des faits reprochés, ce qui mettra fin à toute poursuite.

Eiffel consacre les trente dernières années de sa vie à une féconde carrière de savant.

Il s'emploie d'abord à trouver une utilité à la Tour, qui n'avait été construite que pour une durée de vingt ans: expériences sur la résistance de l'air, station d'observation de météorologie et surtout antenne géante pour la radio naissante. Parallèlement à la collecte de données météorologiques dans les stations installées dans ses diverses propriétés, il poursuit ses études sur l'aérodynamisme en construisant une soufflerie au pied même de la Tour, puis une plus importante en 1909 rue Boileau à Paris, toujours en activité.